One way anova dan uji LSD

Berikut meupakan script untuk one way anova dan kemudian dilanjutkan uji LSD atau beda nyata terkecil. LSD cocok untuk satuan percobaan yang tidak terlalu besar, seberapa besar tentu debatable, ya kira-kira satuan percobaan dengan ukuran 12 sampai 16 masih bisa. Kalau satuan percobaan besar, dikhawatirkan perbedaan nilai terkecil dan terbesar akan terlalu jauh, sehingga akurasi akan makin rendah.

#Rancang Acak Lengkap/ One way anova

library(agricolae)
model <- aov(Akar ~ Pupuk, bobot)
summary(model)
cv.model(model)

#Uji LSD (Least significant difference)/ beda nyata terkecil (BNT)
LSD.test(model,”Pupuk”,console=TRUE, main=”Bobot Akar Saga Manis”)

Hasilnya sebagai berikut.

> model <- aov(Akar ~ Pupuk, bobot)
> summary(model)
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
Pupuk 3 3.87E+08 1.29E+08 26.6 2.40E-08 ***
Residuals 28 1.36E+08 4852478
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ‘ 1
> cv.model(model)
[1] 46.84852
> LSD.test(model,”Pupuk”,console=TRUE, main=”Bobot Akar Saga Manis”)
Study: Bobot Akar Saga Manis
LSD t Test for Akar
Mean Square Error:  4852478
Pupuk,  means and individual ( 95 %) CI
Akar std r LCL UCL Min Max
P0 3741.05 2733.165 8 2145.711 5336.389 4.4 8092
P1 10116.5 2528.369 8 8521.161 11711.84 7278 13342
P2 4505.935 2196.742 8 2910.596 6101.274 9.48 7492
P3 444.6562 849.3516 8 -1150.68 2039.996 0.428 2188
alpha: 0.05 ; Df Error: 28
Critical Value of t: 2.048407
t-Student: 2.048407
Alpha    : 0.05
Least Significant Difference 2256.151
Means with the same letter are not significantly different
Groups, Treatments and means
a  P1 10116.5
b  P2 4505.935
b  P0 3741.05
c  P3 444.6562

 

Dari beberapa posting sebelumny mengenai anova, sekarang sahabat sudah bisa melakukan uji sidik ragam (anova) mulai dari one way anova atay acak lengkap, rancangan acak kelompok, sampai split plot. Tentu masih ada rancangan lain seperti block design, rancangan bujur sangkar dan lainnya. Juga uji lanjut LSD, Tukey dan Duncan, bisa disesuikan alpha serta atribut lainnya, silahkan merujuk ke tutorial package agricolae. Banyak uji lanjut lainnya yang mungkin sesuai dengan kebutuhan. Jangan takut untuk mencoba membuat script, atau sekedar copy paste dan menjalankan script. Mudah toh?! jangan terintimidasi dengan perintah menggunakan script, kalau sudah terbiasa, akan lebih nyaman daripada aplikasi yang tinggal kliksana klik sini. Semoga bermanfaat.

 

Location: Göttingen, German

Time: May 2017

Advertisements

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s